Участвовал в русско-турецкой войне 1877–1878 гг. В сентябре 1879 г. назначен командующим 2-й бригадой 5-й пехотной дивизии; затем — помощником начальника штаба Восточно-Сибирского военного округа с переводом в мае 1880 г. в Генеральный штаб. В 1883 г. командирован для участия в комиссии по укреплению Владивостока и Николаевска-на-Амуре; осмотра дорог, проектировавшихся в Южно-Уссурийском крае. С июля 1884 г — помощник начальника штаба Приамурского военного округа, с ноября — командир 2-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады. В феврале 1886 г. Высочайшим приказом назначен военным губернатором, командующим войсками Амурской области и наказным атаманом Амурского казачьего войска (1886–1891). В бытность его губернатором состоялось посещение области великим князем Александром Михайловичем. В 1889 г. проведена реформа казачьих войск Приамурья; Уссурийское войско выделено в самостоятельную структуру. В 1891 г. Амурское казачье войско и жители области достойно встретили наследника престола цесаревича Николая Александровича. В августе 1891 г. А.С. Беневский назначен временно исполняющим обязанности приамурского генерал-губернатора. С 1892 на службе в Киевском военном округе (начальник штаба), с февраля 1894 г. — помощник начальника Главного Генерального штаба Военного министерства. В апреле 1898 г. он вновь возвращается на Дальний Восток, получает назначение помощником приамурского генерал-губернатора, исполняющего обязанности Приамурского генерал-губернатора (1898–1899, 1902). В 1898 г. был председателем распорядительного комитета по подготовке Амурско-Приморской сельскохозяйственной и промышленной выставки. Состоявшаяся в Хабаровске в сентябре 1899 г. выставка отразила все стороны жизни далекой окраины России, дала наглядное представление о производительных силах края и, подводя итог сорокалетней деятельности в нём русских, показала возможные направления дальнейшего развития. В 1903 г. А.С. Беневский оставил Дальний Восток. Служил в Военном министерстве, был членом Военного Совета.