В конце 1942 г. со второго курса института он был призван в ряды Советской Армии, участвовал в ожесточенных боях по освобождению Белоруссии, Западной Украины и Польши, дошел до Одера. В 2000 г. Г.Л. Санжиев участвовал в Параде Победы на Красной площади в Москве.
После демобилизации из рядов Советской Армии с ноября 1945 г. Г.Л. Санжиев стал работать в редакции газеты «Бурят-Монголой унэн». В 1947 г. был направлен на учебу в Иркутскую партийную школу. Окончив ее, вернулся в редакцию и поступил на историко-филологическое отделение Бурятского педагогического института. В 1957 г. после окончания аспирантуры МГУ им. М.В. Ломоносова и успешной защиты кандидатской диссертации Г.Л. Санжиев был принят в Бурятский научно-исследовательский институт культуры на должность старшего научного сотрудника. В сентябре 1958 г. он был назначен ученым секретарем вновь созданного Бурятского комплексного научно-исследовательского института Сибирского отделения Академии наук СССР, а в 1963 г. – заместителем директора по гуманитарным наукам, позже долгие годы он возглавлял отдел истории, этнологии и социологии.В 1980–1990-х гг. Г.Л. Санжиев уделял большое внимание изучению последствий присоединения Бурятии к Российскому государству, взаимодействию и взаимопомощи бурят­ского и русского населения края в освоении природных богатств и развитии производительных сил региона.